Το Πανελλήνιο πρωτάθλημα του 2016 είναι το 83ο Ανδρών και 35ο Γυναικών στα χρονικά του θεσμού. Η διοργάνωση γίνεται για 67η φορά στην Αθήνα και συγκεκριμένα στην αυθεντική διαδρομή.
Πρώτο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα θεωρείται ο προκριματικός αγώνας ενόψει των πρώτων σύγχρονων Ολυμπιακών Αγώνων (10 Μαρτίου 1896), εκεί όπου πρώτος πανελληνιονίκης αναδείχτηκε ο Χαρίλαος Βασιλάκος (ανεξάρτητος και μετέπειτα αθλητής του Πανελληνίου ΓΣ) με επίδοση 3:17:00 στην απόσταση που ήταν 42χλμ.
Το πρωτάθλημα γυναικών ξεκίνησε στις 7 Νοεμβρίου 1982 στη Θήβα με νικήτρια την Αλεξάνδρα Φίλη (ΑΟ Παλαιού Φαλήρου) με επίδοση 3:19.26.
Το Πανελλήνιο Πρωτάθλημα μέχρι το 2000 διεξαγόταν σε διάφορες περιοχές της χώρας και επομένως σε διαφορετικές διαδρομές. Από το 2000 και μέχρι σήμερα διεξάγεται μόνο στην αυθεντική διαδρομή.
Πολυνίκης του πανελληνίου πρωταθλήματος Μαραθωνίου στους άνδρες είναι ο Νίκος Πολιάς (Πειραϊκός Σύνδεσμος-Ολυμπιακός ΣΦΠ) με επτά χρυσά μετάλλια και στις γυναίκες με ισάριθμα η Γεωργία Αμπατζίδου (ΧΑΝΘ-Βεργίνα).
Ανεξαρτήτως διαδρομής το ρεκόρ αγώνων πανελληνίου πρωταθλήματος Μαραθωνίου ανδρών κατέχει ο Σπύρος Ανδριόπουλος με 2:13.15 από τις 6 Απριλίου 1997 στο Αγρίνιο και το αντίστοιχο γυναικών η Μαρία Πολύζου με 2:39.43 από τις 24 Απριλίου 1994 στην Καστοριά.
Την καλύτερη επίδοση του πρωταθλήματος στην αυθεντική διαδρομή γυναικών έχει πετύχει η Κωνσταντίνα Κεφάλα της ΑΕΚ με επίδοση 2:40:36 στις 31 Οκτωβρίου 2010 και στους άνδρες ο Νίκος Πολλιάς (Πειραϊκός Σύνδεσμος) με 2:18:38 από τις 17 Οκτωβρίου 1999.
