Πρόκειται για ένα από τα πιο σημαντικά μνημεία του 14ου αιώνα. Ο Άγιος Αθανάσιος οικοδομήθηκε σε μια χρονική περίοδο αρκετά κρίσιμη για την πόλη της Καστοριάς.
Η κατάσταση στην ευρύτερη περιοχή δεν ελέγχονταν πλέον από τους βυζαντινούς και η εναλλαγή στην εξουσία τοπικών αρχόντων ήταν εύκολη υπόθεση.
Έτσι, γύρω στα 1387 εμφανίζεται στην Καστοριά η αρχοντική οικογένεια Μουζάκη, αλβανικής καταγωγής, η οποία παραλαμβάνει την διακυβέρνηση της πόλης από τους Σέρβους.
Η διακόσμηση του ναού αποδίδεται σε εργαστήριο το έργο του οποίου έχει αναγνωριστεί και σε άλλες εκκλησίες, όπως της Γεννήσεως στο Μάλιγκραντ και στο ναό της Ζωοδόχου πηγής στο Μπόριε της Κορυτσάς. Το καλλιτεχνικό εργαστήριο είναι ανάμεσα σε αυτά που συνεχίζουν την παράδοση της τέχνης του πρώτου τετάρτου του 14ου αιώνα.
